Het verhaal van “De Engel Van Amsterdam” is met zijn personages losjes gebaseerd op “Gijsbrecht van Aemstel”, een toneelstuk dat in 1637 werd geschreven door Joost van den Vondel ter gelegenheid van de opening van de nieuwe schouwburg in Amsterdam. De musical werd geschreven ter gelegenheid van het 700-jarige bestaan van de stad Amsterdam.

Het verhaal begint wanneer de bewoners van Amterdam in opstand komen tegen de Heer van Amsterdam, Gijsbrecht van Amstel, die een hele buurt wil afbreken omdat die zijn plannen voor de nieuwe haven in de weg staat. De bewoners van de buurt pikken het natuurlijk niet en komen in opstand! Ze krijgen hierbij steun van Venerik, de zoon van Gijsbrecht, die hierdoor lijnrecht tegenover zijn vader komt te staan. En moeder Badeloch zit daar - zoals zoveel moeder - altijd maar weer tussen. Ten einde raad vraagt zij de hemel om hulp en zowaar: haar bede wordt verhoord. De Engel Rafaël wordt naar Amsterdam gezonden met een boodschap. Eenmaal daar aangekomen raakt Rafaël zo in de war van het gekrakeel in Amsterdam, dat zij haar boodschap vergeet. En ze mag niet terugkeren naar de hemel voordat zij haar boodschap heeft afgeleverd! Hoe langer zij echter tussen de mensen verblijft, des te meer ze ervan gaat genieten. Vooral van die aardige bisschop Gozewijn; dat is nou toch écht zo'n aardige man!... Gijsbrecht denkt inmiddels een handlanger te hebben gevonden in de persoon van Vosmeer, de spion. Vosmeer zal hem vele vaten buskruit leveren, die hij dan weer kan gebruiken om in één klap de Nieuwmarktbuurt van de kaart te vegen. En dan zal die prachtige haven er tóch komen!...